Demir Mucizesi

demirBazı malzemelerden yararlanabilmek için özel sistemler kurup, çeşitli önlemler almak gerekir. Örneğin patlayıcı maddeler bir ordu için son derece önemlidir. Bu maddelerin üretiminde, kullanım alanlarına naklinde ya da depolanmalarında hassas tedbirler alınmazsa fayda yerine büyük zararlar verebilir. Bu nedenle patlayıcı maddelerin üretim, nakil, depolama ve kullanım süreçlerinde alanında uzman kişilerin belirlediği yöntemler izlenir ve olası tehlikelere karşı her türlü tedbir alınır. İşte demir de canlılar dünyasında böylesine hassas uygulamaların yapılmasını gerektiren maddelerden biridir.

Demir, hayat için son derece önemli bir elementtir, bir hücrenin demiri kullanılabilmesi için yüksek güvenlikli sistemler gereklidir. Çünkü serbest halde bulunan demir, canlılar için oldukça tehlikelidir. Demirin hücre içine alınışında karşılaştığımız bu üstün taşıma ve güvenlik sistemi Allah’ın yaratma sanatının güzel örneklerinden biridir.

Demir Yaşam İçin Vazgeçilmez Bir Maddedir

Demir dünyada en çok bulunan 4. elementtir. Yaşam için vazgeçilmezdir. Canlılardaki solunum,  fotosentez, azot bağlama, DNA’daki genlerin kontrolü, DNA sentezi  gibi çok çeşitli biyolojik faaliyetlerde kullanılır. Ancak demir bu önemli görevleri yerine getirirken bulunduğu yere son derece hassas bir şekilde yerleştirilmek zorundadır. Çünkü serbest demir iyonları (yüklü demir elementine demir iyonu denir) kimyasal reaksiyonlar yoluyla hücreye büyük zararlar verebilir.
demirSerbest halde bulunan demir iyonlarını pimi çekilmiş el bombasına benzetebiliriz. Çünkü demir iyonları hücrede saldırgan moleküller oluşmasına neden olurlar. Bu saldırgan moleküller de hücredeki DNA, RNA, protein ve zar gibi yapılara saldırarak tahribata yol açar. Bu tahribat hücre için ölüm demektir. Ancak hücrelerimizin her birinde sayısız bomba ile yaşamamıza rağmen bunları hiç fark etmeden rahatlıkla hayatımıza devam ederiz. Çünkü Allah bizi korumak için çok özel bir sistem yaratmıştır.

Demiri Bulmakla Görevli Özel Ajanlar

Demir doğada en bol bulunan elementlerden olmasına rağmen serbest haline pek rastlanmaz. Oldukça az miktarda bulunan serbest haldeki demir bile vücudumuzu zehirlemek için yeterlidir. Allah, bu yüzden vücudumuzda özel görevleri olan proteinler yaratmıştır.  Bu proteinler kendilerine demir iyonlarını bağlayarak serbest demir iyonunun oranını azaltırlar.

Bütün canlılar hayatlarını sürdürebilmek için hayati öneme sahip demir elementlerine sahip olmak zorundadır. Buna bakteriler de dâhildir. Peki, bakteriler bu zorlu şartlarda nasıl yaşayabilirler? Bu noktada bambaşka bir mucize karşımıza çıkar. Bakteriler demiri bünyelerine katabilmek için bilimsel adı siderefor olan ajan proteinleri kullanırlar. Bakteriler bu ajanları hücre dışına salarlar.
demir

Ajanlık, uzmanlık gerektiren bir iştir. İyi bir ajan olmak ancak uzun bir eğitim süreci sonunda mümkündür. Konusunda deneyimli kişiler her türlü ortamı ve şartları oluşturarak ajan olmak isteyenleri hazırlarlar. Yetişmiş ajanlar görevlerini başarıyla yerine getirebilmeleri için özel olarak donatılırlar. Tespit, takip ve haberleşmeyi sağlayan cihazları kullanırlar. Siderefor isimli proteinler hiçbir eğitim sürecinden geçmemişlerdir, dışarıdan temin edilen özel olarak tasarlanmış donanımlara da sahip değildirler. Buna karşın Allah’ın ilhamı ile deneyimli bir ajan gibi görevini kusursuz olarak gerçekleştirirler.

 

 

 

 

 

 

Sidereforlar bakteri dışında başka moleküllerin içinde kompleks halde bulunan demir elementlerini tanır ve oradan kapıp kaçırırlar. Burada dikkat edilmesi gereken konu; “tanımak, kapıp kaçırmak ” olarak bahsettiğimiz eylemleri yapanın sadece bir molekül olmasıdır. Görmek için gözleri, tanımak için hafızası ya da yakalamak için elleri olmayan bir molekül...  Demiri, magnezyum, kalsiyum gibi elementlerden ayırt ederek onu tanıyabilmekte, hatta alıkoyarak giriş yapabileceği yere kadar refakat edebilmektedir. Kuşkusuz cansız ve şuursuz moleküllerin böylesine kompleks bir işlemi yapabilmesi sadece Allah’ın dilemesi ile mümkün olabilmektedir.

Sidereforların yakaladığı demir elementleri, bir dizi güvenlik ve kontrol işleminin ardından hücrenin içine alınır. Demir ile birleşik oluşturan moleküller bundan sonra yeni bir serüvene başlar. Hücre için tehlikeli olan bu madde, güvenli bir şekilde içeri alınmalı ve görev yerlerine başarı ile iletilmelidir. Peki, hücrenin dışında bulunan ajan moleküller hücre içine nasıl alınırlar?

Hücre Zarındaki Özel Güvenlik Kapıları

 

Allah, demir ile birleşik oluşturmuş sidereforların hücre zarından hücre içine alınabilmeleri için bakterilerde çok detaylı bir sistem yaratmıştır.

Hücrenin yaşamsal öneme sahip etkinliklerine devam edebilmesi için her madde hücre içine alınmaz. Hücreye zarar verebilecek birçok madde büyüklükleri dolayısıyla zardan geçemezler. Demire bağlı sidereforlar da oldukça büyük moleküllerdir. O zaman demir elementleriyle birleşik oluşturmuş sidereforlar nasıl olup da hücre içine girebilirler? Bu, hücre zarında yer alan özel tanıma, taşıma ve güvenlik sistemleri sayesinde mümkün olur.

 


 

demir

Parmak izi tarayıcıları kimlik tespitinde kullanılan özel cihazlardır. Önceden belirlenmiş kişilerin belli bir bölgeye girmeleri, diğer kişilerin de dışarıda tutulmaları için kullanılırlar.  Hücre dış zarında da parmak izi tarayıcıları gibi kimlik tespiti yapan moleküllerden yapılma özel bir sistem bulunmaktadır. Bu sistem sayesinde demirle kompleks oluşturmuş ajan molekülleri hemen tanınırlar. Küçücük bakterilerdeki FepA adlı protein sayesinde sistem yaratıldığı ilk andan itibaren kusursuz bir şekilde görevlerini yerine getirirler. Tasarımındaki en ufak bir hata ya da eksiklik parmak izi tarama cihazını işe yaramaz haline getirecektir. Aynı şey hücre zarındaki kompleks bir yapıya sahip olan moleküler kimlik tanıma sistemi için de geçerlidir. Bu nedenle hücre zarındaki bu yapının aşama aşama bir evrim ile oluşması imkânsızdır.

 

dolmabahce

 

 


Dolmabahçe’nin giriş kapısı ihtişamlı bir sanat eseridir. Bu giriş kapısının tesadüfen meydana gelemeyeceği açıktır. Aynı bunun gibi hücrelerde demir için bulunan giriş kapıları da tesadüfler eseri meydana gelemez. Bu kapılar Allah’ın yaratmasının delilidir. Son derece hassas detayların var olduğu bu kapıda hücrenin güvenliğine yönelik üst düzey tedbirler alınmıştır.

Güvenlik Kapısındaki Özel Sistemler

genetik1Bakterilerde demirin sadece hücre zarından geçmesi için düzenlenmiş pek çok farklı birim yer alır. Alıcılar, kapılar, taşıyıcı proteinler, enerji iletimi
demiryapan proteinler, enerji santralleri gibi çok farklı birimler bu iş için büyük bir uyumla çalışırlar. Örneğin çift zarlı yapıda resimdeki gibi kompleks bir sistem vardır. Allah dış zarda demir elementini tanımak için, ajan molekülle (sidereforla) bağ kuran özel alıcılar yaratmıştır. Demir-ajan çiftinin dış zardan geçebilmesi için gerekli enerji ise iç zarda üretilir. İç zarda üretilen enerji bazı proteinlerce dış kapıya iletilir. Buradan geçen demir kompleksi başka bir protein yoluyla iç zara taşınır. İç zarda da yine onun için yaratılan kapıdan hücre içine alınır.

Yukarıdaki resimde demirin bakterinin içine girmesini sağlayan sistemin basitleştirilmiş bir modelini görmektesiniz. Bu modelden de anlaşılacağı gibi bakteri zarı iki katlı bir yapıya sahiptir. Üstteki zarda FepA adlı alıcılar bulunmaktadır. Bu alıcı demir elementleriyle kompleks oluşturmuş molekülleri tanır ve dış zar ile iç zar arasındaki bölgeye alır. Alıcının açılması için gerekli enerji iç zardan sağlanır ve TonB-ExbB-ExbD proteinleri yoluyla bu enerji alıcılara iletilir. Bu proteinler özellikle demir molekülü ihtiyacı fazla olduğunda hücre zarında bol miktarda bulunurlar. Bilimsel adı FepB olan  başka bir aracı protein ise alıcıdan geçen demir kompleksini taşıyarak iç zara getirir. İç zarda FepG ve FepD proteinlerinden meydana gelen bir güvenlik kapısı bulunur. Bu kapı demir kompleksini tanır ve hücre içine başka bazı proteinlerin yardımıyla içeri alır.
Demirin hücre zarından içeri alınmasında görevli yapıların bir tanesinin bile eksik olması ya da kusurlu bir yapıya sahip olması bütün sistemin çökmesine sebep olur. Bu da hayatın kademe kademe geliştiğini iddia eden evrim teorisinin büyük bir yanılgı olduğunu gösterir. Gerek hücre gerekse hücre zarı Allah’ın kusursuz yaratmasının açık bir örneğidir.
demirdemir 


 

 

 

Ancak demirle ilginç gerçekler bununla sınırlı değildir. Demirin hücre içindeki serüveni daha pek çok mucize barındırmaktadır.

 

Demir Saklama Proteini Mucizesi

Demir molekülü hassas bir oranda vücudumuzda tutulmalıdır. Az olması durumunda sözünü ettiğimiz faaliyetler gerçekleşmez, çok olması durumunda ise son derece yıkıcı etkileri vardır. Oksijen varlığında, fazla demir hücrenin en temel yapı taşlarını yıkar.  Bu temel yapıtaşlar arasında DNA, RNA, proteinler ve zarlar bulunur. Hücrede serbest bir şekilde dolaşan demir iyonları bu yüzden sıkı kontrol altında tutulması gerekir.

demir
Demir dünyada en çok bulunan 4. elementdir. Ancak normal şartlarda su içinde çözünmediğinden temini için ek sistemler gereklidir. Hücre içindeki miktarı da son derece sıkı kontrol gerektirmektedir. Azlığında çok önemli hücre içi faaliyetler gerçekleşmez. Fazla olduğu takdirde ise hücrenin yapıtaşlarını bozguna uğratır.

 

Proteinin Demir Saklama Mucizesi


Bu kontrolün bir parçası olarak bazı proteinler demir iyonlarını depolamakla görevlendirilmiştir. Canlılarda bilinen 3 tip demir saklama proteini vardır. Bunlar

  • Ferritin
  • Bacterioferritin (Bfr)
  • DPS

proteinleridir. Farklı tip canlılarda bulunan bu proteinler verilen görevleri eksiksiz yaparlar. Örneğin tek bir Ferritin veya Bfr proteini 2000 ile 3000 demir atomu barındırabilir.  Bir proteinin kompleks işlemler neticesinde tehlikeli maddeleri hücrenin yararına taşıyor olması Allah’ın açık bir mucizesidir. Allah’ın emriyle hareket eden moleküller bu fedakar ve önemli görevi üstlenirler.
demir
Depolar, fabrikada fazla malların biriktirildiği özel bölgelerdir. Bu sayede, depolanan maddeler gerektiğinde kullanılabilirler. Demir saklayan proteinler de tıpkı depolar gibi çalışır. Moleküller üzerinde böyle üstün vasıfların tecelli etmesi hayranlık uyandıran bir durumdur.
demir
Bilimsel adı ferritin adlı molekül, demir iyonlarını depolamak vazifesiyle yaratılmıştır. Bu molekül şekil itibari ile bir harikadır. 24 tane birimin mükemmel bir şekilde birleştirilmesi ile meydana gelir.

demir
Bilimsel adı Bacterioferrin ve Dps olan proteinler de demir iyonlarını taşımak üzere yaratılmışlardır. Bu moleküller son derece kompleks bir görünüme sahiptirler.

3 boyutlu resimlerden de anlaşılacağı gibi demir saklama proteinlerinin son derece harika yapıları vardır. Merkezlerinde bulunan boşlukta, demir için özel bir yer hazırlanmıştır. Bu bölgede demir iyonları depo edilir. Demir, bu merkezi boşluğa alınırken kimyasal bazı işlemden de geçirilir.
demir
Gemilerin önemli bir özelliği muazzam yük taşıma kapasiteleridir. Hücrelerimizde de demir saklama proteinleri muazzam sayıda demir iyonunu taşırlar.

 

Demir Saklama Proteinleri ve Evrim Teorisinin Çöküşü

 

Evrimcilerin yazılarını incelediğinizde bir hayal aleminde yaşadığını görürsünüz. Olması imkansız olayları birbiri peşi sıra rahatlıkla anlatırlar. Örneğin tek bir proteinin dahi tesadüfler eseri oluşması imkansızken proteinler zamanla evrilmiştir gibi boş sözler kullanırlar.
Halbuki ortalama bir proteinin rastgele oluşma imkanı 10 üzeri 950 de 1’dir. Bu pratik olarak olması imkansız bir olaydır. Tesadüfen bunun olabileceğini iddia eden cahil bir evrimciye, ona evrenin yaşı kadar süre verseniz, her saniye trilyonlarca deneme imkanı da verseniz, matematiksel olarak protein tesadüfen oluşmaz.

Farklı canlılarda bulunan demir saklama proteinleri, evrimcilerin de itirafları ile birbirinden farklıdır. Bu evrim teorisi için çelişkili bir durumdur. Çünkü bu proteinlerin biri bile tesadüfler eseri oluşamaz. Farklı demir saklama proteinleri birbirlerine de dönüşemez. Çünkü zaten çalışan bir sistemin bir diğerine dönüşmesi için sebep de yoktur. Ancak bunlardan da öte, evrim teorisi için yıkıcı bir gerçek daha vardır.

Canlılığın hüküm sürdüğü ortam, var olanı yıkmaya yöneliktir. Sağlıklı bir proteini yıkmaya aday, sayısız tahrip mekanizması vardır. Bu yazıda, bunlardan birinin, demir elementinin kendisi olduğunu gördük. Canlılık için gerekli olan demir iyonları eğer kontrol altında tutulmazsa proteinlere, DNA’ya, RNA’ya ve zarlara zarar verir. Bu yüzden hem taşımak için hem saklamak için özel moleküller görevlendirilmiştir. Ayrıca göreceğimiz gibi, demiri hassas oranda tutabilmek için, sayısız kontrol teknikleri uygulanır. Evrimcilerin ilkel dünya diye tabir ettikleri şartlarda korumaya yönelik düzenlemelerin hiç biri yoktur. Dolayısı ile tesadüfler eseri kademe kademe gelişim iddiası bir aldatmacadan ibarettir. Hayat çok açık bir şekilde bir mucize eseri olarak yaratılmıştır ve her an yaratılmaya da devam etmektedir.
demir
Terör olayları neticesinde can kayıpları ve maddi hasarlar oluşur. Hücre seviyesinde de aynı ortam bulunur. Ultraviyole, zehirli maddeler, oksijenin sebep olduğu serbest radikaller, zehirli ağır metaller bunlardan bazısıdır. Koruyucu sistemler ve tamir mekanizmaları ile hayat ayakta tutulur. Bu yazıda gördüğümüz gibi; demir elementi canlılığın en temel dokularını tahrip eder. Eğer özel koruma sistemleri olmazsa canlılık çöküşe sürüklenir. Bütün koruma tedbirlerine rağmen. korunaklı hücrelerde dahi hergün sayısız protein tahrip olur. Hiç bir korumanın olmadığı evrimcilerin ilkel olarak adlandırdıkları dünya şartlarında canlılık sürekli tehdit altındadır. Böyle bir ortamda kendiliğinden, tesadüfler eseri, kademe kademe gelişim iddiasının gerçek olmadığı çok açıktır. Hayatı Allah yaratmıştır ve onu ayakta tutan da O’dur.
Nitekim bu gerçeği Allah "Şüphesiz Allah, gökleri ve yeri zeval bulurlar diye (her an kudreti altında) tutuyor. Andolsun, eğer zeval bulacak olurlarsa, Kendisi'nden sonra artık kimse onları tutamaz..." (Fatır Suresi, 41) ayetiyle bize bildirmektedir.

Sistemin Kontrolü

Demir hem çok faydalı hem de aynı zamanda çok tehlikeli olmasından ötürü sıkı kontrol altında tutulmak zorundadır. Yapılan araştırmalar neticesinde bilimadamları demirin miktarını kontrol altında tutan müthiş bir sistem keşfettiler.

Fur adlı bir protein sistemin beyni olarak çalışır. Demirle ilgili bütün stratejik kararları bu protein alır. Demir miktarı az olduğunda demiri hücre içine çekmeye yarayan sistemleri çalıştırır. Demir miktarı fazla olduğunda ise demirin hücreye emilimini sağlayan sistemlerin üretimini durdurur. Ayrıca demirin hücrede fazla miktarda bulunduğu durumda ferritin gibi depo proteinleri üretilir, fazla demirin sebep olacağı serbest radikal ve bunun da sebep olacağı yıkıma karşı demir içiren antioksidanlar üretilir. Ancak demir kontrolündeki stratejiler bununla sınırlı değildir. Bu kontrol sisteminde çok aşamalı bir plan sözkonusudur.

İleriyi Gören Kontrol Sistemleri

 

Yakın zamanlarda yapılan araştırmalar Fur proteininin bir başka karar verici proteinin üretiminden sorumlu olduğu bulundu. Bu ikinci karar verici protein demirin azaldığı durumda üretilir. Bu protein, demiri öncelikli kullanması gerekmeyen proteinlerin üretimini engeller. Bu sayede var olan az miktarda demir gerekli yerlerde kullanılarak hücrenin bu zor durumla baş etmesine yardımcı olur.
demir 
Satrançta büyük ustalar çok aşamalı planlar yaparlar. Demirin kontrolü sistemi de pek çok aşaması hesap edilerek işlemektedir. Bu sistemi şuursuz moleküller yapamaz. Bakteride tecelli eden bu üstün sanat ve zeka Allah’ındır.

Kaynak:

Andrews, S. C., A. K. Robinson, and F. Rodriguez-Quinones. 2003. Bacterial iron homeostasis. FEMS Microbiol. Rev. 27:215-237.

Rodriguez, G. M., and Smith, I. (2003). Mechanisms of iron regulation in mycobacteria: role in physiology and virulence. Molecular  Microbiology 2003 Mar;47(6):1485-94

Masse E, Salvail H, Desnoyers G, Arguin M. Small RNAs controlling iron metabolism. Curr. Opin. Microbiol. (2007) 10:140–145

K. N. Raymond, E. A. Dertz, and S. S. Kim, Bioinorganic Chemistry Special Feature: Enterobactin: An archetype for microbial iron transport, PNAS, April 1, 2003; 100(7): 3584 - 3588.

Andrews, S. C., A. K. Robinson, and F. Rodriguez-Quinones. 2003. Bacterial iron homeostasis. FEMS Microbiol. Rev. 27:215-237.

K. N. Raymond, E. A. Dertz, and S. S. Kim, Bioinorganic Chemistry Special Feature: Enterobactin: An archetype for microbial iron transport, PNAS, April 1, 2003; 100(7): 3584 - 3588.

Masse E, Salvail H, Desnoyers G, Arguin M. Small RNAs controlling iron metabolism. Curr. Opin. Microbiol. (2007) 10:140–145

Harvie, D. R., Vilchez, S., Steggles, J. R., Ellar, D. J. (2005). Bacillus cereus Fur regulates iron metabolism and is required for full virulence. Microbiology 151: 569-577

Andrews, S. C., A. K. Robinson, and F. Rodriguez-Quinones. 2003. Bacterial iron homeostasis. FEMS Microbiol. Rev. 27:215-237.

Andrews, S. C., A. K. Robinson, and F. Rodriguez-Quinones. 2003. Bacterial iron homeostasis. FEMS Microbiol. Rev. 27:215-237.

Andrews, S. C., A. K. Robinson, and F. Rodriguez-Quinones. 2003. Bacterial iron homeostasis. FEMS Microbiol. Rev. 27:215-237.

Andrews, S. C., A. K. Robinson, and F. Rodriguez-Quinones. 2003. Bacterial iron homeostasis. FEMS Microbiol. Rev. 27:215-237.
Not:
ilgili bilginin ingilizcesi
Although the three types of iron storage protein form evolutionarily distinct families, they are distantly related to each other and have thus retained many structural and functional similarities.

Molecular Genetics of Bacteria, Larry Snyder and Wendy Champness, Asm Press, Third Edition, 2007, Sayfa 584
Bunlar arasında demiri minerallerde sökmeye yarayan siderefor üretim genleri ve zardaki demir taşıyıcı proteinleri bulunur.

Molecular Genetics of Bacteria, Larry Snyder and Wendy Champness, Asm Press, Third Edition, 2007, Sayfa 584-586
RyhB adlı bu molekül bir tür RNA’dır. Bu proteinin demire öncelikle ihtiyacı olmayan proteinlerin üretimini engellemesi çok ilginç bir şekilde olur. Engelleme işi gen seviyesinde olmaz. Genlerden üretilen mRNA’lara bağlanırlar. Bu bağlanan yapı da bir başka enzim tarafından parçalara ayrılır.